Территориальный орган Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Краснодарскому краю организован в 2004 г.
Структура федеральных органов исполнительной власти утверждена Указом Президента № 649 от 20 мая 2004 г. Положение о Федеральной службе в сфере здравоохранения утверждено Постановлением Правительства № 323 от 30 июня 2004 г. 06 июня 2013 г. Приказом Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения № 2324 - Пр/13 было утверждено Положение о территориальном органе Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения  по Краснодарскому краю.
На сегодня штатная численность Территориального органа Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Краснодарскому краю составляет девятнадцать человек.
Основные полномочия Территориального органа Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения по Краснодарскому краю – контроль и  надзор в сфере здравоохранения, в том числе государственный контроль качества и безопасности медицинской деятельности, государственный контроль при обращении лекарственных средств, государственный контроль за обращением медицинских изделий, государственный контроль за применением цен на лекарственные препараты, включенные в перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов и др.
Также в компетенцию Росздравнадзора входят следующие вопросы: соблюдение прав граждан на охрану здоровья и медицинскую помощь, модернизация и развитие системы здравоохранения, диспансеризация населения.